일반 대중에게 신경과와 혼동을 초래하는 전문과목으로 신경외과와 정신건강의학과 (구 정신과)를 들 수 있는데, 신경과와 신경외과와의 관계는 일반내과와 일반외과의 관계와 같다고 생각하면 쉽게 이해됩니다. 신경과는 신경계에 발생하는 질환을 진단하고, 약물요법이나 대증요법을 통하여 치료를 유도함이 특징이고, 신경외과는 신경계에 발생하는 질환을 수술적 접근 방법으로 치료를 도모합니다. 따라서 신경과 진단 과정에서 수술이 필요한 병변이 확인되면 신경외과에 의뢰하여 수술적 치료방법 여부에 대하여 자문을 구합니다.

일반인들에게 가장 혼란을 일으키는 신경과와 정신건강의학과 (구 정신과)와의 관계는 임상 증상이 서로 겹치는 부분이 있기 때문에 명쾌하게 구분하기 어려운 측면이 있는 것이 사실입니다. 그러나 근본적으로 신경과는 신경계의 기질적/구조적 변화에 의한 해부생리학적 이상으로 발현되는 임상 측면을 진료하는 분야이고 정신건강의학과는 기질적 변화가 동반되지 않는 즉 검사상 구조적으로 뇌에는 큰 이상이 없어 보이지만 뇌의 기능적 변화에 의해 발생하는 증상을 집중적으로 다루는 의학 분야입니다.

즉 정신건강의학과는 인간의 사고, 감정 및 정서, 인간의 마음을 다루는 임상과로 눈에 드러나는 기질적 이상 보다는 정신적 이상 상태를 대상으로 합니다. 따라서 조현병 (구 정신분열증), 우울증, 히스테리, 노이로제, 신경과민 등을 전문적으로 취급하는 임상과목이 정신건강의학과이며, 신경계에 발생하는 염증, 종양, 혈관폐쇄 등으로 인하여 신경세포가 기질적/구조적으로 변화되어 발생되는 이상상태를 다루는 임상과가 신경과입니다.

예를 들면 환자가 스트레스나 어렸을 때의 비정상적 가정환경 등으로 인한 순수한 정신적 문제로 정신이상이 나타났다면 당연히 정신건강의학과 진료를 받아야 하며, 뇌염으로 인하여 정신이상 증세를 보인다면 우선적으로 신경과 진료를 받아야 함이 원칙입니다.